专用基金在会计处理中，当形成专用基金时，应贷记“专用基金”账户，表示所有者权益的增加。当使用专用基金时，应借记相关支出科目或“非财政补助结余分配”科目，表示所有者权益的减少。期末，如果专用基金账户有贷方余额，则表示该基金的结存数。
需要注意的是，专用基金属于资产类科目，但在会计分录中，贷记表示增加，借记表示减少。这是因为专用基金是企业或事业单位为了特定目的而设立的专项资金，其增加反映资金的筹集，减少反映资金的支出或使用。
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